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防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
加葡萄糖（处理③）。在基础配方中添加牛肉膏和蛋白胨后，虫草生长与只添加无机盐相比没有明显差别，推测牛肉膏和蛋白胨提供的主要营养物质———磷酸盐、碳源、氮源和维生素在磷酸二氢钾和硫酸镁存在的情况下已并非限制性因子，即达到了营养饱和。因此再添加并不能有促进生长作用，反而由于添加物质过多导致培养基缝隙过密，不利于出草。处理⑤和处理⑥的无机盐和葡萄糖添加量相等，但分别添加了牛肉膏和蛋白胨，虫草生长出现统计学差异，这可能是由于牛肉膏和蛋白胨分别添加导致培养基中C：N比例改变，牛肉膏中提供大量碳源，而蛋白胨提供大量氮源，而只有在合适的C：N前提下，虫草子实体才能正常生长[7]。在葡糖糖提供了足够碳源的基础上，培养基中添加蛋白胨更适合虫草生长。在大米培养基中只添加有机质（处理②），虫草的生长和只添加无机盐相当，因此，在实际生产中，性质稳定而价格较低的无机盐更为实用。
河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
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